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两种分析方法都需要可靠地供应一种或多种高纯度气体，这是出于偏好（例如效率，费用和安全性）的偏爱。
蛋白质组学和代谢组学在精确医学和药物发现中的日益广泛的作用凸显了基于质谱的技术能够识别，定义和量化新型生物标志物，分子相互作用和表达模式的能力。因此，这些领域的普及在可访问性和成本方面都将相关技术带入了各个实验室。
准确分析样品中蛋白质的先决条件是彻底分离，这通常是通过气相色谱（GC）或液相色谱（LC）完成的。出于效率，费用和安全性等变量的考虑，两种方法都需要根据喜好可靠地供应一种或另一种高纯度气体。
在GC中，流动相由载气组成，溶质可以从载气中移出固定相。几种气体是合适的，包括氢气，氮气和氦气，但每种气体都具有固有的扩散性和粘度特性，使其或多或少地成为理想的载体。氮气的较低扩散率会影响效率，从而影响生产量，而氦的高粘度则需要较高的进气压力，因此需要更长的分离塔。另外，尽管氦气在大气中很丰富，但它还是作为商业天然气勘探的副产品大量释放的，除非有意识地加以隔离，否则会迅速向上散发到太空中。随着联邦氦储备的缩减，全球范围内的短缺正变得越来越严重，其价格也越来越昂贵，而氮和氢一直无处不在。
氢气还用作GC-MS中火焰离子化检测的燃料气体。间歇性地运行单个GC-MS设置的小型实验室通常可以证明使用单个可互换的氢气瓶是合理的。在较大的操作中，大量的空间，时间和资源专用于同时运行的多个GC-MS设备，使用气瓶需要同时使用多个捆绑式气瓶。这种复杂的设置需要基于自动歧管的切换机制。它们通常受分区法律和常识性自我保护原则的约束，将它们放置在实验室空间之外，使其易于泄漏和发生其他需要专业维修服务的破坏。在高压下捆扎多个氢气罐可能会造成灾难性的后果，因为周围的氧气可能会爆炸或快速移位，并可能导致窒息。
即使是一台设备的运营成本也可能迅速增加。此外，气瓶倒空时供应会中断，可能会影响实验计划和结果。
氢气发生器减轻了基于汽缸的补给的许多问题。发电机可以持续运行，产生不间断的高纯度氢源，通常只需继续使用电源插座和去离子水即可，从而将运行和维修成本降至最低。
此外，它们在相对较低的压力下仅产生和储存少量氢气，从而消除了与钢瓶有关的灾难性危险。最终，较小的占地面积使它们可以保持在实验室空间内，通常在台式机上或台式机上。
氢气发生器通过水电解或甲醇重整过程运行，尽管大多数用于气相色谱应用的商业单位都使用电解。发生器的基本引擎是电解池，电解池上恒定的电压驱动反应，该反应从阳极处的水中除去电子，并通过质子交换膜将其添加回阴极处的氢离子。这种膜的重量大约相当于黄金的重量，因为它通常由钯（一种在商品交易所上市的过渡金属）组成。额外使用铂催化剂可将生成的氢气纯度提高到99.999％以上，这是许多GC-MS应用的基准。
如果氢气发生器可以在成本，效率和安全性方面改善GC-MS，那么LC MS的气体供应解决方案又如何呢？尽管LC-MS用于检查液体或固体分析物，但在从离子源进入检测器之前，需要使用气源消除样品中的溶剂。
氮气最经常用于此目的，并且在基于电喷雾和基于大气压的LC-MS设置中充当电离助剂，并在气体进入检测器时充当帘状气体以包围高温下的雾化离子。
在氮气发生器中，N2是从环境空气中纯化的，空气被压缩并进行变压吸附。该程序以气体在高压下被吸引到相邻表面的原理起作用。吸附后，将系统摆动至低压将释放所收集的目标气体。由于不同的表面材料对不同的气体具有固有的吸引力，因此可以使用不同的吸附剂选择组成气体。
由于在不断使用的情况下，LC-MS每天对氮气的体积需求可能超过一个气瓶，因此，与购买GC-MS的氢气发生器类似，在购买后不到一年的时间，切换到发生器系统可以节省成本。氮气发生器的价格更高，但起价约为15,000美元，通常与空气压缩机等附件分开。除了提供两种发电机之外，还有几家领先的供应商
零空气发生器，可从环境空气中去除碳氢化合物杂质。零空气在GC-MS和LC-MS中都有常见的应用，尤其是在芳烃分析中。
