柱的稳定性与固定相类型及使用情况有关。如流动相中盐类的存在会使键合相柱的性能衰退；以SiO2为基质的固定相，过程随温度和pH(>8)增加而加速。一根柱子使用是否得当，直接影响它的柱效和寿命。对于填装了粒度为10μm以下的固定相的柱子，尤其如此。为了保持柱效、柱容量及渗透性，必须进行仔细地保养。是否会由于柱外效应，使分析柱的柱效明显下降？
1．柱易被极细的颗粒堵塞，因此必须将流动相仔细地过滤。在流动相贮槽与柱之间，使用0.5μm孔径的过滤器。水往往是一个重要的污染源。在水溶液流动相（如缓冲液）中，细菌容易生长，可能堵塞筛板。防止细菌生长的办法是加入抑制剂，如0.01%NaNO3。显然，抑制剂不能干扰分离和测定。
2．在恒定压力下，发现流量减少，柱子可能部分堵塞。堵塞最容易发生在极窄的入口接头处以及入口、出口筛板处。堵塞后需要仔细拆洗，清除堵塞物，但必须防止较强的机械震动，防止用热手接触柱子，以扰动柱内的固定相层，使柱效发生变化。
3．柱子的实际操作压力应低于填装时的最高压力，最好在最高压力的一半以下。实际操作压力过高，易使入口的固定相层下沉，形成一个空穴。若空穴形成，应重新装柱。在空穴中加入新的匀浆或玻璃微珠，也无法恢复到原来的柱效。
4．应该用进样阀，而不用注射器进样，以防止注射隔膜碎屑集聚在柱入口。
5．要防止反冲（流动相逆向流动），否则使固定相层位移，柱效下降。
6．柱子两端用金属螺帽封闭，保存在纯净的有机溶剂中。应该将柱子保存在以下pH范围内的水溶液流动相中：2<pH<8.5。为了长期保存，最好用纯有机溶剂（如甲醇）清洗柱子。
7．一定要防止柱子干涸，特别是硬胶柱。
8．使用卫柱(Guard Column,亦称预柱)。连续注射含有强滞留(不被洗脱)组分的样品，将使柱效下降，保留值改变，选择性变坏，柱寿命缩短。为了延长柱寿命，在进样阀和分析柱之间加上卫柱。
卫柱较短(5~10cm)，固定相与分析柱类似。其作用是吸着强滞留的组分，防止对分析柱的污染，保持分析柱性能稳定。实验表明，只要卫柱与高效、小粒度分析柱联用，除了使k’为零的组分的塔板数大大减少外，对k’值较大的组分，其柱效下降很少。
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