（一）产生大量已克隆化双链DNA中的特定序列 利用载体上互补的寡核苷酸引物， 克隆载体上的目的DNA片段。 在一系列相互嵌套、渐进排列的引物引导下， 进行一组PCR令可以除去目的DNA两侧多余的序列。也可在扩培的引物末端引人一些附加的核苷酸， 如限制酶酶切位点。 也可以生成一些缺失突变体。
（二）选择性扩增特定DNA序列 已知某一目的蛋白质的氨基酸的部分序列, 就可以设计两套特定的寡核昔酸引物,从cDNA第一链库中扩增目的序列。
（三）生成大量单链DNA进行序列测定 常规PCR后， 反应后的DNA产物进行脱盐处理， 除去过剩的dNTP,通过互补于DNA扩增产物中某一适当区段的产标记寡核苷酸作引物， 便可对DNA扩堵产物进行序列测定。另外通过特殊的PCR方法， 即不对称PCR也可扩增出单链PCR。
（四）构建突变体和重组体 利用引物设计士的一些变化， 通过几次PCR反应， 可以构建出基因的突变体和重组体。 以便于研究基因的一些性质。此外， 还可以进行酵母菌落分析、检查酵母内的遗传操作、小载体PCR和单一位点PCR用于捕获克隆在YAC中的基因组DNA末端序列， 也用于分离与克隆的DNA或已知的DNA序列紧邻的DNA。
二、PCR在基因诊断中的应用 相当一部分遗传性疾病严贡危害健康， 因此， 如何及早做出正确诊断， 特别在妊娠早期发现携带致病基因的胚胎， 并采取相应措施及早终止妊娠， 对于优生优育有十分重要的意义。
PCR技术的发展和完善， 使严重遗传性疾病的产前诊断成为可能， 并得到迅速发展． 目前对于镶形细胞贫血病、地中海贫血、抗凝血酶Ill缺乏症、血友病、DMD（假肥大性肌营养院碍）以及囊性纤维病等遗传病， 已研究出相应的试剂盒和检测方法， 可采用PCR技术作产前诊断。二、PCR在基因诊断中的应用 相当一部分遗传性疾病严贡危害健康， 因此， 如何及早做出正确诊断， 特别在妊娠早期发现携带致病基因的胚胎， 并采取相应措施及早终止妊娠， 对于优生优育有十分重要的意义。
应用于病毒感染的诊断目前PCR技术已开始用千甲、乙、丙、戊型肝炎病毒、人类免疫缺陷病谣、巨细胞病毒、乳头瘤病毒、单纯疮疹病毒、风疹病毒、狂犬病涕、EB病据以及柯萨奇病谣等所引起人类感染病的诊断。如乙型肝炎病毒(HBV)感染， 通常采用的反向血凝法和酶联免疫吸附法(ELISA )。
PCR技术还可以用干恶性肿瘤的诊断，恶性肿瘤是危害人类健康的主要疾病之一， 多数学者认为细胞癌基因的激活或过表达、抑癌基因的丢失或其表达产物的失活， 或两者兼有． 均会引起细胞无限制的生长而形成癌症。然而癌基因的活化或抑癌基因失活的原因不外乎是体细胞基因的点突变、缺失、片段的插人或异位等引起。因此采用PCR技术进行基因分析显然是恶性肿瘤诊断的一种有效方法。
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