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一、溶剂
大多数用在化学合成中的商品试剂都不够纯． 因此使用前应该进行纯化（常用方法： 蒸熘）。对千”专为合成DNA纯度” 的溶剂也要检查其颜色（几乎所有的液体都是无色的）及透明度（颗粒将阻塞多孔玻璃， 分子筛尘埃将造成合成失败） 。大多数有关的杂质是水、酸、碱和金属离子。
水：对吸收水的化学试剂蒸熘一次， 大多数溶剂的水分将会减少到10ug/g 或更少。因为在偶联步骤中允许少量水的存在， 故这种水分含量的溶剂可用于合成。许多溶剂都是吸潮的， 因此所有溶剂的容器都应该塞紧， 只能短时打开， 通常没有必要在氮气中储存。
酸和碱：氯化的碳氢化合物常含有微量盐酸． 在合成期间会使二甲氧基三苯甲基损失。通过下列方法可以进行检测：在5ml 溶剂中溶解1mg 的5'-O-二甲氧基三苯甲基脱氧核糖核苷酸衍生物，测定495 nm 处的吸收值， 应该没有吸收。极性溶剂中的一级和二级氨能切断寡核旮酸与载体之间的键． 可以用茚三酮试验检测．
金属离子： 虽然溶剂中没有这一问题， 但作为干燥剂的分子筛含有大量的铁。有些溶剂从分子筛中滤出三价铁离子， 这种分子筛与DNA键合， 引起碱基修饰和核苷酸间的切除。其他金属离子可能也是有害的．
二、试剂
DNA合成时，脱氧核糖核苷单体中小量的高反应活性的杂质造成的影响非常大，应用大量过量单体， 扩大了杂质的影响。 检测比较困难， 但应该引起高度注意。在催化剂、偶联剂和脱保护剂中的杂质一般影响较小。
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