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多肽合成是一个重复添加氨基酸的过程， 合成一般从C端（羧基端）向N端（氨基端）合成。多肽合成是在溶液中进行， 现在多采用固相合成法从而大大地减轻了每步产品提纯的难度。为防止副反应的发生。 合成柱与添加的氨基酸的侧链都被保护， 羧基端是游离的， 且在反应之前必须活化。化学合成方法有两种， 即Fmoc 法和Boc法。由于Fmoc比Boc有很多优势， 现在大多采用Fmoc法合成。
（一）Boc固相法（经典Merrifield固相法）
Boc固相法的氨基保护基采用TFA可脱除的Boc， 侧链保护基采用苄醇类。 常用树脂为氯甲基化或羟甲基化聚苯乙烯树脂， 目前，广泛采用比氯甲基树脂更加稳定的对乙酰氨基苄酯(PAM) 树脂， 合成肽酰胺时采用二苯甲胺型树脂， Boc 保护α-氨基的氨基酸衍生物共价交联到树脂上， TFA 脱-Boc三乙胺中和游离的氨基末端。 之后再偶联下一个氨基酸。最终脱保护基多采用HF 法和TFMSA 法。用Boe 固相法已合成了许多生物大分子， 如酶、生长因子和人工蛋白质等。
Boc固相法的氨基保护基采用TFA可脱除的Boc， 侧链保护基采用苄醇类。 常用树脂为氯甲基化或羟甲基化聚苯乙烯树脂， 目前，广泛采用比氯甲基树脂更加稳定的对乙酰氨基苄酯(PAM) 树脂， 合成肽酰胺时采用二苯甲胺型树脂， Boc 保护α-氨基的氨基酸衍生物共价交联到树脂上， TFA 脱-Boc三乙胺中和游离的氨基末端。 之后再偶联下一个氨基酸。最终脱保护基多采用HF 法和TFMSA 法。用Boe 固相法已合成了许多生物大分子， 如酶、生长因子和人工蛋白质等。
（二） Fmoc 固相法
在Boe固相法中反复使用酸处理会带来一些问题，如使肤键断裂和酸催化产生其他副反应等。 Boc 固相法尤其不适千合成含有色氨酸等对酸不稳定的肤类。1978 年，Chang 、Meienlofer 和Atherton 等采用Carpino 报道的Fmoc 基团作为氨基保护基，成功地合成了多肤。目前， Fmoc 固相法已经得到广泛的应用， 井越来越受到人们的重视。与Boc法相比， Fmoc 不同之处在于氨基保护基采用碱性可脱除的Fmoc 基， 侧链保护基采用TFA 可脱除的叔丁基。 树脂采用91%TFA 可切断的对烷氧卡醇型树脂和1%TFA 可切断的二烷氧苄醇型树脂， 因此， 脱保护避免了强酸处理， 用TFA 或TMSl3r 即可完成。
（1）固相载体
在固相合成中最常用的载体一类是通过m-二乙烯苯交联的聚苯乙烯树脂。从膨胀性和稳定性角度考虑， 交联度为1％较为合适。另一类常用的载体为聚丙烯酰胺凝胶，它在结构和极性上与肤链相似， 因此被认为可能更有利千多肤合成。在多肤自动合成仪中， 固相树脂要能够承受连续流动液体造成的一定压力， 珠状的疑胶不能达到这个要求． 若将珠状凝胶与低密度、高渗透性的无机载体Kieselguhr 相连则可以解决这个问题。聚丙烯酰胺－ Kieselguhr 凝胶已成功地应用千连续流动Fmoc 固相合成上．
（2）树脂接臂
考虑到与树脂相连的肽的C端氨基酸具有不同类型， 常常需要在树脂上连接不同支臂以供交联。
（3）第一个氨基酸的连接
第一个氨基酸与树脂支臂通常通过生成酷键来连接， 对N, N－ 二甲基氨基吡啶(DMAP) 可以有效地催化这一过程。但加人的DMAP 的员对消旋化有很大影响。此外还可能使Fmoc 基团脱落， 产生二肽。这些问题可以通过降低温度、缩短连接时间或加入HOBt 的方法来解决。采用Fmoc-氨基酸－ OTOO 酷或用活化酣法也能得到满意的连接效果。
（4）固相上的接肽反应
主要有活化酯法、混合酸酐法、原位法、酰氯法和缩合剂法等。
（5）监测反应
即使是高效偶联技术， 也无法保证酰化反应100 ％地进行， 当遇到立体防碍或β片层等序列时， 偶联反应的效率则会大大下降． 在固相合成肽时， 尤其是较长肽的合成时， 每一个氨基酸的缩合率应该达到99. 9%， 否则得到的产物纯度将非常低。因此监测每一步反应的进行程度显得格外重要，通常采用的监测方法主要有： 定性颜色反应（茚三酮法） 、定量氨基酸分析、检测部分保护的中间肤的HPLC法、在自动化合成欣时的比色法等。
