蛋白质是细胞的重要组成成分，在不同生理过程中发挥着重要作用。发现、鉴定蛋白质能将细胞的生理学与遗传学联系起来，让我们对复杂的细胞调控网络有所了解。在实施人类基因组计划之前，我们通常采用吸光光度法、荧光光度法、共振瑞利散射法来对蛋白质进行初步鉴定。而随着人类后基因组计划的提出，蛋白质组学的概念也开始出现，并被广泛应用于生物学研究的各个领域。蛋白质组学的主要工作是识别和分析细胞或组织中的所有蛋白质，包括蛋白质表达水平、细胞定位、蛋白质- 蛋白质相互作用、翻译后修饰等内容，蛋白质组学是在肽/ 蛋白质分离、质谱分析、定量同位素标记和生物信息学分析等现代科学技术的推动下发展起来的，其发展与质谱分析技术密不可分，质谱技术现今已成为蛋白质组学和生物大分子研究领域里的核心工具。随着人们对蛋白质鉴定、定量和分析的深入，科学家们对质谱仪的分辨率、灵敏度、质量精度和扫描速率的要求也越来越高，希望能够对更为复杂的样品进行分析处理，近些年来质谱技术产生了飞跃式发展，科学家们发明出了很多新的仪器，也研究出了很多新的分析方法。
质谱分析技术是在高真空系统中测定蛋白质等样品的分子离子及碎片离子质量，以确定样品相对分子质量及分子结构的技术，具备灵敏度高、信息量大、检测快速等优点，在生物学和医学领域被广泛应用，现已成为蛋白质组研究的三大关键技术之一。质谱技术能在不使用任何抗体的情况下同时鉴定和定量数千种蛋白质，如测定蛋白质的分子量、氨基酸序列、多肽或二硫键的数量和位置等，在蛋白质的结构分析中起着举足轻重的作用。质谱仪按照用途可以分为有机质谱仪、无机质谱仪和同位素质谱仪，目前最常用的质谱分析仪有气相色谱质谱联用仪（GC-MS）、液相色谱- 质谱联用仪（LC-MS）、电喷雾电离质谱仪（ESI-MS）、液相色谱-电喷雾质谱仪（LC-ESI MS）、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪（MALDI-TOFMS）、蛋白质芯片- 飞行时间- 质谱系统（SELDI-TOF MS）、超高效液相色谱- 四极杆-飞行时间质谱仪（Qq-TOF MS/MS）等。其中ESI-MS、MALDI-TOF MS 和快原子轰击质谱技术在蛋白质分析中应用的最广泛；气相色谱质谱联用仪敏感度较差，四极杆质谱仪定性能力不足、分辨力较低，两者在研究蛋白质等生物大分子的作用时非常受限；而蛋白质芯片- 飞行时间- 质谱系统检测速度最快，被认为是一种很有前途的质谱技术。
近几年质谱技术有了最新进展，这些进展也同时推进了蛋白质的研究工作。蛋白质测序方面，在碰撞诱导裂解技术（CID）的基础上，出现了可变裂解这一新技术，这种新技术是基于碰撞池中离子的电子传递特性开发出来的。使用电子捕获解离技术（ECD）和电子传递解离技术（ETD）生成的蛋白质裂解产物能补充经典的CID 技术裂解产物，而且这两种新方法能让裂解产物更均匀，更适合用于发现翻译后修饰情况。ECD 技术和ETD技术可用于研究大型肽段和蛋白质，通过裂解和分析完整蛋白，帮助我们全面了解它们。通过这种方式，我们能够获得完整的氨基酸序列信息和翻译后修饰信息，能最准确地鉴定蛋白质。目前部分质谱仪已经使用了ECD 技术和ETD 技术。除了以上技术，还有一种称为SWATH 的技术近几年也被应用到了生物医学的前沿研究中，该技术可以通过高速扫描来获得扫描范围内全部离子的所有碎片信息，从而实现蛋白质定量、蛋白复合体鉴定和宿主蛋白分析。近些年，随着基因组学和蛋白质组学的相继出现，质谱技术也得到了迅速发展。各种技术的进步使质谱仪在准确度、分辨率、灵敏度、定量分析能力等各方面都有了很大的发展，蛋白质组质谱分析技术也取得了新的突破。但是从质谱技术的发展来看蛋白质质谱分析技术，它仍面临着新的机遇和挑战。
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