傅立叶变换离子回旋共振质谱有超高的分辨率和质量精确度, 其分辨率可以达到1000000, 是对化合物分子结构进行确证的重要工具, 也是对分子重排反应进行研究的有力手段。由于其操作繁琐、价格高昂, 限制了其广泛应用, 主要应用于气相离子反应动力学研究、大分子分析和复杂体系分析等。
（3）磁质谱

     磁质谱的分辨力可达到100000, 且灵敏度高、稳定性好, 技术成熟、经典, 定量能力强, 但是购买、运行和维护成本高, 操作复杂, 分析速度慢, 一般不用于兽药、农药残留、非法添加等常规检测, 应用于持久性有机污染物分析如痕量二恶英、多氯联苯的检测等。
（4）静电场轨道阱质谱
    静电场轨道阱质谱是静电场离子阱和快速傅立叶变换技术的结合, 可对离子的振荡频率进行测定, 计算质核比, 分辨率为100000。将线性离子阱与静电场轨道阱质谱串联组合, 可同时具有二者的检测能力, 由离子阱质谱获得化合物的离子碎片进入高分辨谱图, 通过测定精确质量数计算分子式, 为结构类似物如异构体的鉴别的分析提供了全面的信息。