离子交换色谱（ｉｏｎｅｘｃｈａｎｇｅｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ，ＩＥＣ）是发展最早的色谱技术之一。
古代人们使用沙石来净化饮用水就是利用了离子交换的原理，而第一篇关于离子交换的研究报告来自１８５０年英国农业化学家Ｔｈｏｍｐｓｏｎ对土壤中钙离子和铵离子交换及其当量关系的研究。２０世纪初，离子交换开始用于水的软化和糖类的处理。离子交换剂是离子交换技术的核心和基础，２０世纪３０年代人工合成离子交换树脂的出现对于离子交换技术的发展具有重要意义，当时先由Ａｄａｍｓ和Ｈｏｌｍｅｓ合成了苯酚磺酸树脂和聚胺型树脂。美国的ＤＡｌｅｌｉｏ在此基础上用苯乙烯和二乙烯苯合成了第一个单功能基团的强酸型树脂，而基于苯乙烯二乙烯苯的离子交换树脂至今仍是最广泛使用的一类离子交换树脂。子交换在蛋白质化学中的首次运用是在果胶聚半乳糖醛酸酶的制备过程中，作为杂质的果胶甲酯酶被吸附于聚苯乙烯阳离子交换剂（ＡｍｂｅｒｌｉｔｅＩＲ１００，磺酸型）而得以除去。数年后异丁烯酸树脂（ＡｍｂｅｒｌｉｔｅＩＲＣ ５０）被成功地用于分离碱性蛋白质如细胞色素Ｃ、核糖核酸酶、溶菌酶等，这是由于异丁烯酸树脂较高的ｐＫａ值（ｐＫａ＝６。５）使它适合于碱性蛋白质的分离。
基本原理用离子交换色谱分离生物分子的基础是待分离物质在特定条件下与离子交换剂带相反电荷因而能够与之竞争结合，而不同的分子在此条件下带电荷的种类、数量及电荷的分布不同，表现出与离子交换剂在结合强度上的差异，在离子交换色谱时按结合力由弱到强的顺序被洗脱下来而得以分离。
离子交换色谱之所以得到如此广泛的应用，是因为其具有以下特点：
①分辨率高，随着各种高效色谱介质的出现，选择合适的离子交换剂能够确保离子交换色谱有着良好的选择性和分辨率；
②蛋白交换容量高，有利于放大分离规模和在工业生产中应用，而这一点是凝胶过滤等方法很难达到的；
③应用灵活，通过选择不同的离子交换剂，控制缓冲液的组成和ｐＨ、离子强度条件可以优化分离过程；
④分离原理比较明确，该技术是依据电荷不同进行分离的，不过对于蛋白质这样的大分子，除了静电作用外，疏水相互作用、氢键等非离子作用以及缓冲离子的性质也会影响到分离行为；
⑤操作简单易行，在大规模分离样品而分辨率要求又并不高时，对蛋白质进行吸附和解吸甚至可以不用在色谱柱中进行。
