蛋白质的分子量一般在１００００～１００００００之间。测定蛋白质分子及亚单位的分子量，是为了进一步开展一级结构的研究。蛋白质分子量的测定方法很多，通常是根据蛋白质的物理化学性质来测定或者根据化学分析的结果来计算分子量。先后用于测定蛋白质分子量的方法有：渗透压、黏度、光散射、超离心（沉降速度、沉降平衡）、凝胶过滤色谱（柱色谱、薄板色谱）、聚丙烯酰胺凝胶电泳（ＰＡＧＥ）及十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳（ＳＤＳＰＡＧＥ）、电喷射电离（ＥＳＩ）质谱和基质辅助激光解吸电离（ＭＡＬＤＩ）质谱等方法。这些根据蛋白质分的物理化学性质方法测得的分子量称为物理分子量。常使用的方法有超离心法、凝胶过滤和ＳＤＳ凝胶电泳法，其中超离心法可直接测定蛋白质的分子量，而在凝胶过滤和ＳＤＳ凝胶电泳法中的测定结果为与分子量标准相比较的相对值（相对分子质量Ｍｒ），一般认为超离心法测得的结果更接近真实值。而根据蛋白质的化学分析，如氨基酸定量分析结果计算出的蛋白质最小分子量称为化学分子量。最常采用ＳＤＳ-ＰＡＧＥ凝胶电泳和凝胶过滤色谱法来测定蛋白质的分子量，这两种方法快速简单，但测量值的误差在５％～１０％左右。
 

要点
（１）根据所研究的蛋白质的大小选择适当的凝胶。典型的分离胶大多使用１５％聚丙烯酰胺凝胶，蛋白质有效分离范围为１００００～１０００００ （即凝胶孔径允许分子量１００００的蛋白质不受阻碍通过，而分子量１０００００的蛋白质只能刚刚进入

凝胶孔隙）。对于分子量为１５００００的蛋白质必须采用低浓度大孔径的凝胶。分离分子量范围宽广的蛋白质时，适合采用梯度凝胶。

（２）凝胶溶液混合后进行脱气，有助于防止溶液中的氧对聚合反应的抑制，建议将脱气作为常规方式。另一种防止氧对聚合抑制的方法是提高催化剂的浓度，但由于聚合为放热反应，释放出的热量会导致凝胶中形成小气泡，尤其在１５％的凝胶中比较常见。

（３）将浓缩胶溶液直接小心地加到分离胶的顶部，省略覆盖这一步，可节省时间。

（４）制备浓缩胶时，用记号笔标出梳孔的底部位置，或在浓缩胶混合液中加入少量的溴酚蓝，使浓缩胶呈淡蓝色，有利于加样孔的辨别。

（５）通过指示剂溴酚蓝可以看到，样品通过浓缩胶时被压缩成一条细带。首次分析未知样品时，应在溴酚蓝到达凝胶底部时停止电泳，因为低分子量的蛋白质和染料的泳动距离接近，继续电泳可能会丢失。如果发现蛋白质位于距分离胶顶部２／３的情况，可以继续电泳３０～６０ｍｉｎ，增大条带的分离，此时染料将跑出凝胶。