凝胶电泳按电泳仪形状分为管状凝胶电泳（圆盘电泳）和板状电泳（包括垂直板状电泳、水平板状电泳）。
圆盘电泳（ｄｉｓｃｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ）
圆盘电泳（有上下两个电泳槽，上电泳槽有若干孔用于插电泳管。电泳管尺寸早期为长约７ｃｍ，内径约５～７ｍｍ，现在则越来越长，越来越细，以提高分辨率和微量化。圆盘电泳的各电泳管分别制胶，因此不够简便、均一、准确。另外，由于电泳凝胶与电泳液直接液体接触，易导致液体泄漏，造成短路、断路等。
圆盘电泳（有上下两个电泳槽，上电泳槽有若干孔用于插电泳管。电泳管尺寸早期为长约７ｃｍ，内径约５～７ｍｍ，现在则越来越长，越来越细，以提高分辨率和微量化。圆盘电泳的各电泳管分别制胶，因此不够简便、均一、准确。另外，由于电泳凝胶与电泳液直接液体接触，易导致液体泄漏，造成短路、断路等。
垂直板状电泳
垂直板状电泳有上下两个电泳槽，中间经垂直平板相连，制胶和电泳在两块垂直放置的平行玻璃板之间进行，凝胶厚度一般为０.７５～３ｍｍ。由于同一块板上可同时电泳多个样品，因此均一、可靠，且凝胶板薄，表面积大，易于冷却，从而分辨率高。垂直电泳也采用直接液体接触方式。
垂直板状电泳有上下两个电泳槽，中间经垂直平板相连，制胶和电泳在两块垂直放置的平行玻璃板之间进行，凝胶厚度一般为０.７５～３ｍｍ。由于同一块板上可同时电泳多个样品，因此均一、可靠，且凝胶板薄，表面积大，易于冷却，从而分辨率高。垂直电泳也采用直接液体接触方式。
圆盘电泳 垂直电泳 水平电泳
水平板状电泳
水平板状电泳由分置于两侧的缓冲液槽以及中间的凝胶板组成，缓冲液与凝胶之间通过滤纸桥或凝胶条搭接，即采用半干技术电泳。凝胶下由于有冷却板，因此可采用高压，从而提高了分辨率，缩短了电泳时间。水平电泳的电极也由固定型转变成可移动型。
管状电泳虽然使用最早，但目前已经很少使用，而垂直电泳和水平电泳已成为主要的电泳方式，其中水平电泳的优势更多些。
不同凝胶电泳的特点及应用
